城端別院は真宗大谷派の寺院で寺号を善德寺、山号を廓龍山と号す。蓮如上人が吉崎に於いて精力的な布教をされていた頃、本願寺第五代綽如上人の孫である蓮真は蓮如上人の願いにより現在の石川県と富山県の県境にある砂子坂に文明年間（1470年頃）に一寺を建立し、蓮如上人を開基、自身を第2世とした。その後、布教活動とともに寺所を移転し、第5世祐勝の時代に現在の城端町に移転してきた。
第6世空勝は本願寺と織田信長との石山合戦に参戦し、あくまで本願寺を死守しようとする教如上人（東派1代目）に協力し尽力を尽くした。この事が後の東西分派で善德寺が東派になる事や、江戸時代に於いて越中東方の最有力寺院としての地位や役割を果たす事になった。
また江戸時代には加賀藩前田家の庇護のもと、越中の触頭役（頭寺）を勤め隆盛し、時には加賀藩主の子を住職として迎えることもあった。
以来、聞法の場として地域の方々に慕われ支えられて今日に至っている。
